生物信息个性化定制分析项目介绍
生物信息个性化定制分析项目介绍
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生物信息个性化定制分析项目介绍
生物信息个性化定制分析项目的核心思路是利用公共数据库中的免费数据 或者前期项目已经获得的组学数据，通过进一步生信分析，从不同疾病亚型挖掘 出新的内容，从而获得新的标志物(基因、蛋白、代谢物)、疾病治疗靶点等具 有临床价值的信息。还可以与当下研究热点结合，快速发表高分文章。
- 新的疾病标志物/基因发现
- 新的治疗靶点发现
- 新的疾病亚型发现
- 研究热点信息挖掘
- 时间短、成本低
- 不用测序，使用免费的公共数据库信息
- 只需要做简单的实验验证
- 能够挖掘具有临床应用价值的信息
- 紧追热点，并发表高分文章
1.Integrative bulk and singlecell transcriptome profiling analysis reveals IFI27 as a novel int erferon-stimulated gene in dengue. 2023, Journal of Medical Virology. IF=20.693
登革病毒(DENV)属黄病毒属，可对人类公共卫生造成威胁。重症登革热可造成血管 通透性增加、凝血障碍和出血性素质，但缺乏特定的抗病毒治疗、疫苗和护理诊断。大量研 究表明 IFN 介导的先天免疫在防御 DENV 感染中起着至关重要的作用，但是由此释放的关 键干扰素刺激基因(ISGs) 尚不清楚。该研究作者从 GEO 数据库中下载了 28 例 DENV 和 9 例健康样本的外周血 bulk 转录组数据，通过一系列算法从筛选的差异基因中找到了关键基 因 IFI27。并通过定量 PCR 和敲低实验证明了 IFI27 对 DENV-2 的复制具有较强的抑制作用。 随后作者分析了登革热患者的免疫微环境，并研究了 IFI27 所涉及的生物学过程。之后作者 又从 GEO 数据库中下载了登革热患者和健康对照样本的单细胞转录组测序数据，验证了IFI27 在多种细胞类型中的差异表达。该研究提示 IFI27 可能作为登革热的潜在诊断标志物 和治疗靶点。
2.Identification of a cytokinedominated immunosuppressive class in squamous cell lung ca rcinoma with implications for immunotherapy resistance. 2022, Genome Medicine. IF=15. 266
免疫检查点阻断(ICB)为肺鳞状细胞癌(LUSC)的治疗带来了革命性的变化。然而，很 多高表达 PD-L1 的肿瘤患者对 ICB 耐药，其潜在的耐药机制仍不清楚。
作者收集了 TCGA 和 GEO 数据库中共 624 例 LUSC 患者的转录组数据及相应的其他 组学数据，鉴定到一个新的免疫亚群(衰竭免疫亚群，EIC) 。差异分析鉴定了 EIC 亚群的 167 个 DEGs ，定义为 EIC 评分，并进行了一系列的队列验证。此外，作者从 GEO 检索 28 例抗 PD- 1 治疗的黑色素瘤患者的临床结果和基因表达谱的数据，进一步验证 EIC 评分 与 ICB 耐药之间的关联。最后，作者将 EIC 与多组学数据(TCGA 数据库)进行关联分析， 构建了高度可视化的 LUSC 免疫抑制亚型的多组学在线分析平台，供研究人员在多种分子 水平上探索潜在的免疫治疗耐药机制。
作者鉴定了一种新的 LUSC 免疫抑制型，虽然高表达 PD-L1 ，但对 ICB 治疗具有潜 在耐药性。对进一步探索耐药机制和优化免疫治疗策略提供新的见解。
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