单细胞组学
单细胞组学
关键词：
单细胞组学
单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）是指在单个细胞水平上对基因表达进行测定和分析。单细胞转录组测序能够弥补传统转录组测序（mRNA-seq：bulk RNA测序，比较细胞群体所有细胞基因的平均表达值）的局限性，揭示单个细胞全因组范围内所有基因的表达情况，包括鉴定的组织细胞类型，反应不同样本间细胞的异质性和组织微环境。通过单细胞测序，我们可以了解不同细胞类型在组织中的分布、细胞发育和分化过程、细胞间相互作用以及疾病发生机制。
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1.单细胞转录组学分析揭示小细胞肺癌的肿瘤异质性
标题：Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer
期刊：Signal Transduction and Targeted Therapy
IF：38.104
小细胞肺癌（SCLC）是肺癌中最具侵袭性和致命性的亚型，因此迫切需要更好地了解它的生物学特性。单细胞测序技术为分析肿瘤微环境（TME）中的单个细胞并研究其在致瘤过程中的作用提供了可能。
本研究对来自11例SCLC患者和匹配的正常邻近组织（NATs）进行了单细胞转录组分析，其中包括1例PT和复发肿瘤（RT）患者。该比较显示了人类SCLC的免疫抑制景观。SCLC肿瘤中的恶性细胞表现出不同的状态，主要与细胞周期、免疫和缺氧特性有关。该研究还揭示了SCLC中关键转录因子（TFs）的肿瘤内异质性（ITH）以及相关基因的表达模式和功能。SCLC的亚型细胞——非神经内分泌 (non-NE) 肿瘤细胞与 SCLC 中炎症基因和免疫细胞浸润增加有关，这有助于更好地响应免疫检查点抑制剂。
这些发现表明，人类SCLC具有显著的异质性，以及癌细胞和TME在单细胞分辨率上的密集串扰，从而为更好地理解SCLC的生物学过程以及开发SCLC新疗法奠定了基础。
2.单细胞和bulk转录组平行分析揭示胃肿瘤微环境的关键特征
标题：Parallel single-cell and bulk transcriptome analyses reveal key features of the gastric tumor microenvironment
期刊名称：Genome Biology
IF：17.906
胃癌(GC)是全球第五大恶性肿瘤，也是癌症相关死亡的第三大原因。免疫检查点抑制(ICI)疗法在部分胃癌亚型中具有较好的疗效，但也有部分亚型对ICI呈现一定的抗性。除肿瘤细胞外，肿瘤微环境(TME)中的免疫细胞和成纤维细胞已被证明会影响癌症免疫治疗的疗效。因此，对胃的基质细胞环境进行分析，阐明胃癌中肿瘤浸润免疫细胞和间质的组成和特性非常重要。
本研究对24例胃癌患者的恶性/非恶性样本展开bulk和单细胞转录组测序，通过分析获得的96,623个细胞，确定了81种与胃癌微环境相关的不同细胞亚型，构建了全面的单细胞图谱。揭示了肿瘤与正常胃组织间的细胞类型频率的差异，识别了与恶性转化相关的转录程序变化，发现了肿瘤特异性的细胞亚型。利用上述单细胞图谱对TCGA胃癌队列的bulk RNA-seq数据进行反卷积，检测到某些树突状细胞和基质细胞亚型与患者生存相关。
这些结果为识别生物标志物提供了新的机会，有助于进一步阐明胃癌的发生机制，并为治疗提供新的思路。
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