微生物组
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微生物组
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微生物多样性测序是基于二代高通量技术对环境样品中细菌（16S rDNA）、真菌（18S/ITS）、功能基因等基因的DNA进行特定长度的PCR扩增并对扩增产物进行测序的分析，可实现对环境样品中的优势物种、稀有物种和一些未知物种进行检测，获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。
医学领域：研究人体微生物与人体健康/疾病的关系、为疾病的诊断提供潜在的生物标志物、对疾病进程的干预和影响。
动物领域：肠道、瘤胃(如产甲烷菌群)、动物消化吸收、微生物对动物健康的影响等。
农业领域：根系微生物、土壤微生物、植物内生菌。
环境领域：污水治理、海洋环境、空气污染。
食品领域：食品发酵、动物饲料、食品安全。
题目：Reduction of microbial diversity in grassland soil is driven by long-term climate warming
期刊：Nature Microbiology
IF:28.3
本研究在微生物群落多样性上，综合考虑了两种多样性维度，即分类多样性 (物种丰富度及其相对丰度) 和谱系多样性。增温对三种不同的微生物类群在分类多样性、谱系多样性及生物量上，均产生显著的负效应。而微生物多样性对多因子之间交互作用均未表现出显著反馈，仅除真菌及原生生物对增温协同刈割的积极响应。故此，以上结果表明增温对土壤细菌、真菌及原生生物多样性占主导作用。其可能的原因是在增温条件下，微生物多样性的改变主要是由土壤微环境及地理化学（如土壤pH、土壤水分及土壤温度）所驱动的，而增温恰恰显著影响了该条件。
本研究在增温降低微生物多样性的结果之上，进一步联系了生态系统功能过程，试图探明气候变暖对微生物多样性所带来的改变是如何影响生态系统的功能过程。 结果表明， 增温削弱了微生物总生物量，细菌生物量、初级生产力和生态系统呼吸等生态系统功能。此外，微生物多样性与生态系统功能过程之间也存在着显著的正相关关系。
环境因素塑造了荷兰人的肠道微生物群
题目：Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population
期刊：Nature
IF：69.504
肠道微生物组成和功能的改变与人类健康疾病相关，目前对于健康与疾病的肠道微生物组的普遍特征尚不清楚。本研究选取了2756个荷兰家庭的8208名参与者，对他们的肠道微生物组中的细菌组成、功能、抗生素耐药性和毒性因子进行了分析，此外，将微生物组与241个宿主与环境因素做关联研究。数据分析表明：1，微生物组是由环境和同居关系塑造的。2，只有大约6.6%的分类群是可遗传的，而大约48.6%的分类群方差可以有同居关系解释。3，看似不相关的疾病都有一个共同的微生物组特征，与并发症无关。4，众多早期生活和当前环境因素与肠道微生物功能和组成都显著相关。
本研究产生并分析了一个大型的、多代的肠道微生物群队列，该队列是以高度标准化的方式收集和分析的，并将其与广泛的表型数据联系起来。定义并描述了不同疾病共有的肠道菌群失调，并确定了这种菌群失调与遗传性、童年和当前的暴露组、生活方式和社会经济之间的联系。本研究显示了大规模、表型良好的队列对于剖析肠道微生物组、健康、遗传和环境之间的联系的力量，并为未来微生物组指导的干预研究提供了丰富的资源。
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