蛋白组学
蛋白组学
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蛋白组学
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蛋白质组（Proteome）是指一个细胞或组织中整个基因组表达的全部蛋白质。蛋白质组学（Proteomics）是采用大规模、高通量、系统化的方法，从整体的角度分析细胞或组织内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平和修饰状态及蛋白质之间的相互作用，目的在于揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律的学科。蛋白质组研究对象主要包括人体、动物、植物和微生物，可以为疾病标志物的筛选、疾病机制研究、植物抗逆机理研究、发育机制研究等提供技术手段，为精准医疗、药物靶点研究、药效分析等提供支持。
生物疾病标志物研究
生物疾病发生发展过程分子机制研究
化学或生物药物作用机理信号转导研究
生物疾病分型、治疗靶点研究
病毒领域：新型病毒抑制因子的挖掘研究
畜牧业领域：提高肉类品质和饲养条件
农业领域：农作物发育机制的研究
食品科学领域：提高食品安全，改善口感和营养程度的研究
人类胰腺导管腺癌的蛋白质基因组学分析
题目：Proteogenomiclandscape ofhuman pancreatic ductal adenocarcinoma in an Asian population revealstumor cell-enriched and immune-richsubtypes
期刊：Nature Cancer
IF:23.17
胰腺导管腺癌（PDAC）是世界范围内死亡的一个主要原因。最近对人类PDAC组织的基因组、转录组和蛋白质组分析已经确定了与这种癌症有关的基因组改变以及基因和蛋白质表达的变化，这些数据可以全面了解与癌症发病机制相关的分子特征。本研究作者利用基因组学和蛋白质组学技术对196名PDAC患者的肿瘤组织进行系统的蛋白质组学分析。收集了196名亚洲裔PDAC患者的肿瘤和匹配的血液样本，对肿瘤组织进行了全外显子组测序和mRNA测序，并对有足够细胞数量的150个肿瘤进行了蛋白质组学和磷蛋白组学分析。数据分析定义了六个PDAC亚型（Sub1-Sub6）。Sub2、Sub3、Sub4 型患者比Sub1、Sub5、Sub6 型患者生存期短。Sub6 型患者的KRAS和TP53错义突变比其他亚型的患者少。此外，将富含肿瘤细胞的Sub1-Sub4分为肿瘤亚型1-4（TS1-TS4），将富含免疫的Sub5-Sub6分为免疫亚型1-2（IS1-IS2）。由mRNA和蛋白表征的细胞通路确定了这些亚型和细胞类型组成，进一步将它们定性为经典组先亚型（TS1）、鳞状亚型（TS2-TS4）、免疫组先亚型（IS1）和外分泌亚型（IS2）。蛋白质和磷酸化数据进一步将鳞状亚型归类为活化的富集型亚型（TS2）、侵袭型亚型（TS3）、侵袭增殖型亚型（TS4）。PDAC亚型分为鳞状、纯经典组细胞、免疫组细胞、外分泌样。根据蛋白质组、转录组、全外显子数据分对鳞状亚型进行详细的描述，其中一些特征通过细胞检测和PDAC的正位小鼠模型进行了验证，这可能为PDAC生物学提供了见解，并提出了针对侵略性鳞状肿瘤的治疗策略。
蛋白质组表征确定肝内的胆管癌临床相关亚型
题目：Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups
of intrahepatic cholangiocarcinoma
期刊：Cancer Cell
IF:50.3
肝内胆管癌(iCCA)是第二常见的原发性肝脏恶性肿瘤。在未来的二三十年里，全球范围内iCCA的发病率预计将增加10倍，但治疗方法却十分有限。基因组和转录组的最新进展揭示了iCCA的遗传机制。有前景的分子靶点开发的精准医学正在成为现实。同时蛋白质组学和磷蛋白质组学分析与基因组分析相结合的多维“组学”策略，已经阐明了新的疾病亚型和信号通路，并发现了其他癌症类型治疗开发的潜在靶点。
本研究作者利用自 262 名患者配对的肿瘤和相邻肝组织对iCCA 进行了蛋白质组学特征分析。综合分析优先考虑遗传畸变并揭示 iCCA 发病机制的特征。黄曲霉毒素特征与肿瘤起始、增殖和免疫抑制有关。突变相关信号分析显示 TP53 和 KRAS 共突变可能通过整合素-FAK-SRC 途径促成 iCCA 转移。FGFR2 融合激活了 Rho GTPase 途径，可能是新抗原的潜在来源。蛋白质组学分析确定了四个具有特异性生物标志物的患者亚组 (S1-S4)。这些蛋白质组亚组在预后、遗传改变、微环境失调、肿瘤微生物群组成和潜在治疗方面具有不同的特征。SLC16A3 和 HKDC1 被进一步鉴定为与 iCCA 细胞代谢重编程相关的潜在预后生物标志物。该研究为研究人员和临床医生进一步确定 iCCA 的分子发病机制和治疗机会提供了宝贵的资源。
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