转录组学
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转录组学
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转录组(Transcriptome)广义上指在特定环境或生理条件下的一个细胞、组织或生物体中存在的所有RNA的总和，包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及其它的非编码RNA(non-coding RNA)。蛋白质是生命活动的主要承担者，由mRNA编码，因此狭义上的转录组则指细胞所能转录出的所有mRNA。
目前不仅限于mRNA的研究，非编码RNA的研究也是当前的热点，其中主要研究集中在对基因调控作用的非编码RNA：small RNA、cricRNA、LncRNA等，依托于高通量测序技术的全转录组研究，可以实现同一样本的转录组学研究，有力推动着健康与疾病、遗传与发育、炎症与免疫等各个医学研究领域的快速发展。
全转录组测序方案路线图
生长发育：遗传生长、细胞损伤、衰老凋亡
疾病机理：发病机制、疾病特征标志物
药理研究：药物作用过程、药物靶点
- 安罗替尼联合PD-1检查点抑制剂可诱导T细胞炎性肿瘤微环境
原名：Anlotinib Induces a T Cell-Inflamed Tumor Microenvironment by Facilitating Vessel
Normalization and Enhances the Efficacy of PD-1 Checkpoint Blockade in Neuroblastoma
期刊：Clinical cancer research
IF：13.801
神经母细胞瘤（neuroblastoma，NB）是最常见的儿童颅外实体瘤，被称为儿童“恶性肿瘤之王”。近年来，免疫检查点抑制剂很大程度改善了部分患者的预后，但是大部分NB患者并未从这些治疗中受益。安罗替尼是我国自主研发的新型小分子多靶点酪氨酸激酶抑制剂，其对TME及全身系统免疫状态的影响还未见报道，且其在NB中尚未有应用。
本研究利用生物信息学、NB同源小鼠肿瘤模型、流式细胞术、RNA测序和免疫荧光等技术探讨了安罗替尼对NB免疫微环境及系统免疫的影响，NB患者良好预后相关的血管生成基因(GPAG)与血管正常化和T细胞活化有关。安罗替尼显著抑制975A2和9464D同源小鼠模型的肿瘤生长，并重塑NB免疫刺激微环境。这是第一项动态评估多靶点抗血管生成酪氨酸激酶抑制剂对肿瘤免疫微环境影响的研究，这些发现对于在NB和其他肿瘤患者中测试相关药物具有非常重要的临床指导价值。
2.苯并[a]芘处理的乳腺癌细胞的全转录组测序和竞争性内源性RNA调控网络构建分析
原名:Whole transcriptome sequencing and competitive endogenous RNA regulation network construction analysis in benzo[a]pyrene-treated breast cancer cells
期刊：Science of the Total Environment
IF：10.753
乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤，研究表明，环境污染物可能是乳腺癌发生的重要危险因素。目前，对环境污染物苯并[a]芘（B[a]P）诱导的乳腺癌的研究大多集中在生物效应上，但对其调节乳腺癌肿瘤发生、进展和/或侵袭的分子机制的理解仍然存在差距。一些 ceRNA 失调或在癌症中表现出癌症特异性特征，可能在癌症的发生和进展中发挥作用，这为它们可能被探索作为诊断标记物或治疗靶点提供了证据。
本研究首次对B[a]P处理的MCF-7细胞中lncRNAs、circRNAs、miRNAs和mRNAs进行测序分析，并对ceRNA网络进行了全局视图和系统剖析。通过qRT-PCR和Western blotting验证了一些差异表达的RNAs p53家族相关蛋白，结果证实测序结果非常可靠。本项研究为B[a]P诱导的细胞改变的ceRNA网络的发病机制提供了新的见解，而这种改变可能在乳腺癌的发展中起作用。
RNA 的表达谱和顺式调控靶基因的富集分析
B[a ]P 处理的 MCF-7 细胞系中竞争性内源 RNA 网络
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