SNP分型
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SNP分型
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SNP分型
（1）KASP
KASP（Kompetitive Allele-Specific PCR）是指竞争性等位基因特异性PCR，它基于touch-down PCR技术，利用通用荧光探针，可针对广泛的基因组DNA样品，包括复杂基因组DNA样品，对目标SNPs和InDels进行精准的双等位基因分型。具有准确度高、成本低、简便快捷、支持不同通量研究等优点，可以用于种质资源鉴定、功能标记开发、精细定位作图等研究。
（2）连接酶检测反应（LDR）分析方法
应用连接酶检测反应（LDR）技术。在Taq DNA连接酶的作用下，当左右两条寡核苷酸探针与目的DNA序列完全互补，并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反应，否则连接反应不能进行，最后通过毛细管电泳，扫描片段长度，实现对SNP位点的检测。
（3）多重SnapShot SNP分型方法
SnapShot SNP分型是一种以单碱基延伸原理为基础，同时利用多重PCR对多个已知SNP位点进行基因分型的方法。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI 3730XL测序仪进行毛细管电泳后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定基因型，根据出峰位置确定该延伸产物对应的SNP位点。
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