产品描述
ATAC-Seq（转座酶可及染色质测序）是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法。其核心原理是利用Tn5 转座酶的天然特性，在开放染色质区域（无核小体或蛋白结合的 DNA）进行靶向切割并标记测序接头，从而高通量捕获全基因组染色质可及性图谱。
相比传统方法（DNase-seq, MNase-seq），ATAC-Seq可一步完成片段化和接头连接，避免传统建库的末端修复步骤，减少实验偏差。
1、鉴定重要转录因子：对富集到的序列结合motif 分析，识别参与基因表达调控的转录因子；
2. 生成转录因子结合区域的特征：转录因子结合在DNA上后，它占有的空间阻碍了转座酶Tn5酶切在其他无核小体区域，这样就会留下一个一个小区域，称为足迹（footprint），在这些区域中，reads由高覆盖率峰值突然下降。通过ATAC-seq footprints分析可以查看转录因子在全基因组上结合的状态，主要应用于研究细胞重编程机制，染色质重塑因子，表观修饰对疾病的作用域等；
3、生成表观基因组图谱
4、得到在不同组织或不同条件下对应可及性区域
5、核小体占位分析
6. 常与转录组联合分析，鉴定“染色质可及性变化→基因表达”的交集基因
PM2.5 诱导哮喘加重的 “染色质可及性-转录组-功能表型” 关联机制
文章题目：Integrated analysis of ATAC-seq and RNA-seq unveils the role of ferroptosis in PM2.5-induced asthma exacerbation
期刊：International Immunopharmacology（Q1,IF=4.7）
研究内容：文章利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析定位核心通路：PM2.5通过组蛋白修饰（H3K4me3、H3K27ac）增加FTH1和FTL的染色质可及性，诱导其表达上调，进而触发支气管上皮细胞铁死亡，最终加剧哮喘的气道炎症和黏液分泌；靶向铁死亡（如使用 Fer-1）可能成为缓解PM2.5相关哮喘的新治疗策略。
实验设计：以人支气管上皮细胞（Beas-2B）和雌性 C57BL/6 小鼠为研究对象，开展细胞水平测序与功能验证、动物水平模型构建与表型检测实验，明确 PM2.5 对染色质可及性、铁死亡相关基因表达及哮喘病理表型的影响。共对 Beas-2B 细胞进行 ATAC-seq（6 个样本）和 RNA-seq（同批次细胞样本）检测，对雌性 C57BL/6 小鼠（6-8 周龄，22-26g）构建 4 组动物模型（每组实验重复 3 次），比较不同处理组间染色质可及性、基因表达、铁死亡特征及哮喘病理指标的差异，并评估铁死亡抑制剂（Fer-1）的干预效果。
微信公众号